T细胞是适应性免疫系统的主要组成部分， 它们在病菌感染中被功能活化， 参与宿主防御， 但是遇到自身抗原或者在慢性感染和肿瘤微环境中， 它们会发生命运改变， 进入功能失能命运， 但是调控T细胞功能失能的分子机制会不清楚。本研究通过转录组及表观组学手段，发现功能缺陷的T细胞 [Dysfunctional T cell]， 包括免疫耐受T细胞 [Tolerant T cell] 和慢性感染和肿瘤微环境导致的耗竭T细胞 [Exhausted T cell]， 都特异性稳定高表达转录因子NR4A1。NR4A1对于自身免疫疾病和肿瘤免疫都起着关键负调控作用。机制上， 它一方面通过竞争性结合AP-1在染色质的结合位点，从而阻抑T细胞功能分子的表达；另一方面，NR4A1与染色质超级增强子区域[Super enhancer]的结合能够促进组蛋白的乙酰化水平(H3K27ac)，引发免疫耐受相关基因的超表达。

       相对于活化T细胞识别杀伤入侵病原体，T细胞对自身抗原的耐受是防止自身免疫疾病的重要机制。在T细胞激活过程中，活化性共刺激分子(B7.1，B7.1，和B7h)以及抑制性共刺激分子(CTLA-4，PD-1，B7H3，B7S1等)的多寡决定了T细胞活化或者耐受的命运。当抑制性共刺激分子主导时，T细胞分化成耐受T细胞。研究者利用同时缺失主要共刺激分子B7.1， B7.2和B7h的抗原递呈细胞将CD4+ T细胞分化成耐受T细胞(图1) 。转录组联合表观组-组蛋白甲基化[H3K4me3 和H3K27me3]分析发现，相对于效应性T细胞亚型(Th1， Th2， Th17)，耐受T细胞展现独特的基因表达及表观修饰特征—效应基因表达大量下调，耐受及耗竭相关基因上调； 转录启动子区的H3K4me3修饰水平总体下降。

       进一步分析发现核受体家族转录因子-NR4A1在耐受T细胞稳定高表达；过表达NR4A1抑制T细胞的增殖以及效应功能，而NR4A1-/- T细胞效应功能过度活化，免疫耐受调节丧失，并能促发T细胞介导的肠炎。这些体内外实验表明NR4A1是调控T细胞活化或者免疫耐受的关键因子。

       阻断T细胞免疫检查点是肿瘤免疫治疗的重要策略。重要的是，在小鼠淋巴瘤模型中，研究者发现肿瘤浸润的耗竭CD8+ T细胞大量表达NR4A1，而在anti-PD1治疗组中，伴随着肿瘤浸润T细胞杀伤活力的部分恢复，NR4A1表达水平以及结合在开放染色质的数量显着下调。进一步的T细胞过继实验证明敲除NR4A1赋予CD8+ T细胞更强的效应功能，更好地抵御肿瘤以及病毒的耗竭微环境 的能力(图2)。

       研究者进一步通过NR4A1 过表达的转录组学分析以及ChIP-seq 实验探究NR4A1调控T细胞功能失常的分子机制。他们发现，在耐受T细胞中，NR4A1的染色质结合位点与调控T细胞活化的关键转录因子AP-1的位点一致。进一步的EMSA，reporter assay，以及NR4A1 过表达和其缺失细胞中的ChIP-seq实验证实，NR4A1能够竞争性结合AP-1在染色质的结合位点，从而阻抑AP-1-调控效应分子的表达。同时，NR4A1 结合位点与染色质超级增强子区域[Super enhancer]组蛋白乙酰化 (H3K27ac)水平正相关：过表达NR4A1增强该区域的H3K27ac水平，进而上调免疫耐受和耗竭相关基因的转录；而敲除NR4A1 下调这些位点的H3K27ac (图3)。上述研究鉴定了以NR4A1为核心的转录调控T细胞耐受及耗竭新机制。

       本文共同第一作者分别是刘新东（陆军军医大学西南医院全军临床病理学研究所教授，董晨教授的前博士后)、王云（陆军军医大学西南医院病理学研究所卞修武教授研究生）、路惠平（清华大学董晨课题组成员）， 董晨、刘新东、卞修武是共同通信作者，其他合作者包括清华大学医学院董晨教授课题组、西南医院病理学研究所、美国MD Anderson癌症中心、西雅图系统生物学研究所、陆军军医大学全军医学院、中山大学眼科中心和中科院上海生命科学研究院等单位研究人员。研究工作得到科技部（国家重点研究计划项目）、国家自然科学基金委、北京市科委、重庆市科委等资助。

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